Nació en 1550 enMerchiston, cerca de Edimburgo.
Cursó estudios en la Universidad de San Andrés donde se convirtió en un ferviente seguidor del movimiento de laReforma en Escocia.
Autor de la primera interpretación importante en Escocia de laBiblia.
Conocido por introducir el primer sistema delogaritmos, descrito enMirifici logarithmorum canonis descriptio(1614).
Fue uno de los primeros, en usar la modernanotación decimalpara expresarfracciones decimalesde una forma sistemática.
También inventó sistemas mecánicos para realizarcálculos aritméticos, descritos enRabdologiae seu numerationis per virgulas libri duo(1617).
Las aportaciones de Napier fueron acogidas con entusiasmo por Edward Wright, matemático y cartógrafo, y por Henry Briggs, profesor entonces en Londres y más tarde en Oxford ; ambos, habiendo visitado a Napier en 1615, le propusieron la creación de los logaritmos de base 10, y el mismo Napier los calculó para los primeros mil números, publicándolos en 1617.
En el área de la trigonometría por haber encontrado importantes relaciones entre los elementos de los triángulos planos (teorema de Napier) y entre los de los triángulos esféricos (analogías de Napier).
Además de sus aportes a las matemáticas, Napier proyectó máquinas de guerra con vistas a la defensa de la isla británica contra Felipe II de España y sostuvo las propiedades fertilizantes de las sales.
Su descubrimiento de los logaritmos fue publicado en 1614 con el tratado "Mirifici logarithmorum canonis descriptio", fruto de un estudio de dos décadas.
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Com explica que el teorema fundamental de la teoría de Napier demuestra que a todo número corresponde un logaritmo ; sin embargo, el matemático escocés no sólo no lo demostró, sino que ni siquiera enunció ese "teorema de existencia".
Llegó por otros caminos a sus propias conclusiones basándose en la comparación entre dos progresiones, geométrica una y aritmética otra, estableciendo el teorema fundamental de la propia teoría y demostrando que si cuatro números forman una proporción geométrica, sus logaritmos constituyen una progresión aritmética.