Tal como relaciones amorosas dudo que hayan existido, pero existen dos respuestas creíbles :
1) Los españoles mantenían a negros e indígenas como esclavos, así que los consideraban como propiedades y podían hacer lo que quisieran con ellos (incluso matarlos).
Un español podía mantener relaciones con una negra o indígena esclavas por diversión y en realidad muchas de estas relaciones no eran consensuales, es decir, eran violaciones.
Ponte a pensar como español de ese tiempo : tienes esclavas, son consideradas como "animales domésticos", casi parte de la decoración de la casa, como un mueble más, ¿le pedirías consentimiento a un plato para utilizarlo.
Tal vez suena cruel, pero era la ideología dominante de la época.
2) A pesar de la ideología dominante que menospreciaba a los no españoles, hubo algunas personas que pudieron ver más allá de los prejuicios (como Fray Bernardino de Sahagún) y vieron a los no españoles como personas y no como "animales sin alma" y cuando ves a alguien como persona y le otorgas valor, puedes llegar a enamorarte de ella ; así que probablemente hubo españoles que se enamoraron de indígenas o negros.
Como en todo, no puedes generalizar : no todos los españoles discriminaban, no todos los españoles mantenían relaciones amorosas con no españoles, etc.