Los métodos de enseñanza eran variados y, en ocasiones, incluían los castigos físicos.
Sin embargo, la línea general seguida, sobre todo en los colegios jesuitas, fue la de la escolástica, es decir, el uso de la filosofía clásica grecorromana para entender el mensaje contenido en el cristianismo.
Junto con el estudio filosófico se le prestaba gran atención a las disciplinas de las Humanidades y a la Teología Moral.
Los alumnos presentaban exámenes orales, debatían y cuestionaban las ideas que se les trasmitían.
También, se enseñaba Gramática latina y se estudiaban las obras literarias Clásicas.
En resumen, la técnica de enseñanza se limitaba al debate o el adecuado uso de la retórica en las sustentaciones públicas para demostrar lo aprendido.
Los maestros en los colegios eran sacerdotes o novicios de las distintas órdenes religiosas.
En la Universidad, los maestros eran laicos formados en las mismas aulas, contándose, también, la presencia de sacerdotes.
La figura del maestro era, además de la del instructor, la de guía espiritual y de comportamiento.
La imagen que este proyectase era fundamental en la formación de los alumnos, sobre todo en los colegios.
En las universidades, los profesores tenían pupilos a quienes guiaban en su vida intelectual.