Donde se encuentra la masa del atomo?

Gran parte de esta se encuentra en el núcleo, pues es allí donde están los portones y los neutrones que es lo mas grande.

Los electrones también tienen masa pero prácticamente son despreciables

Para que te hagas una idea, si el núcleo del átomo fuera una pelota de tenis el electrón mas cercano orbitaria a un kilómetro de distancia y fuera del tamaño de una mota de polvo.