Desde el punto de vista sintactico las conjunciones son consideradas palabras?

Por supuesto, ya que el propio concepto de sintaxis expresa : "estudio del orden y relación de las palabras o sintagmas dentro de una oración, así como las funciones que cumplen" y las conjunciones tienen funciones que dan sentido a una oración compuesta.

Una conjunción tiene la función de enlazar preposiciones, sintagmas o palabras, y establecer una relación entre ellas ; esta relación es de jerarquía sintáctica y de tipo semántico (de significado) ; ejemplo : "El Rey manda y sus súbditos obedecen" siendo la palabra "y" la que permite la relación entre ambas ideas en la oración.