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La evolución de los protistas es la historia de la célula eucariota, y los protistas actuales reflejan diferentes estados de la historia.

Los primeros protistas fueron posiblemente formas ameboides que capturaban las particulas alimentándose por fagocitosis.

Muchos protistas, aunque no todos, poseen mitocondrias, que inicialmente pudieron ser organismos procariotas simbiontes adquiridos por englobamiento.

También se pudieron incorporar primitivamente los flagelos, antes o después de la adquicision de las mitocondrias, ya que estas faltan en muchos flagelos actuales.

Muchos de estos poseen cloroplastos, que también se cree se originaron mediante una asociación entre primitivos flagelados eucariotas fagocíticos y procariotas simbiontes.

Algunos flagelos actuales retienen esta fagotrofia ancestral junto con capacidades fotosintéticas ; otros únicamente son fotoautotróficos.