Tras la resolución del conflicto iconoclasta, se restauró la unidad religiosa del Imperio.
No obstante, hubo de hacerse frente a la herejía de lospaulicianos, que en el siglo IX llegó a tener una gran difusión en Asia Menor, así como a su rebrote en Bulgaria, la doctrinabogomilita.
Durante esta época fueron evangelizados los búlgaros.
Esta expansión del cristianismo oriental provocó los recelos de Roma, y a mediados del siglo IX estalló una grave crisis entre el patriarca de Constantinopla, Focioy el papaNicolás I, quienes se excomulgaron mutuamente, produciéndose una primera separación de las iglesias oriental y occidental que se conoce comoCisma de Focio.
Además de la rivalidad por la primacía entre las sedes de Roma y Constantinopla, existían algunos desacuerdos doctrinales.
El Cisma de Focio fue, sin embargo, breve, y hacia 877 las relaciones entre Oriente y Occidente volvieron a la normalidad.
Durante estos años, la crisis en que se ve sumido elCalifato Abasí, principal enemigo del Imperio en Oriente, debilita considerablemente la ofensiva islámica.
Sin embargo, los nuevos Estadosmusulmanesque surgieron como resultado de la disolución del califato (principalmente losaglabíesdel Norte de África y losfatimíesde Egipto), lucharon duramente contra los bizantinos por la supremacía en el Mediterráneo oriental.
A lo largo del siglo IX, los musulmanes arrebataron definitivamente Sicilia al Imperio.