¿A qué se refiere Isaac Newton, cuando dice "porqué tuve que defenderme"?

Bien es sabido que la religión y las ciencias han protagonizado en más de una ocasión controvertidas discusiones que inclusive han derivado en injustificados hechos que la historia apropiadamente nos muestra como condenables ; cuando Sir Isaac Newton reclama : "¿Por qué tuve que defenderme?

" lo hace desde una posición liberal, al haberse tenido que excusar con los monarcas británicos en relación a algunas infamias levantadas en su contra por el establecimiento religioso de la época.

Aunque Newton gozó de muchas más libertades que otros científicos de la época, no fue eximido de persecusión y en esta frase deja clara su frustración, pregunta, molesto la razón por la que una persona deba excusarse, defenderse, dar cuenta de algo tan natural como es el pensamiento.