Kepler se crio en el seno de una familiaprotestanteluteranaque vivía en la ciudad deWeil der StadtenBaden - Wurtemberg, Alemania.
Su abuelo había sido alcalde de su ciudad natal, pero cuando nació Johannes, la familia se encontraba en decadencia.
Su padre, Heinrich Kepler, era mercenario en el ejército delduque de Wurtembergy, siempre en campaña, raramente estaba presente en su domicilio.
Su madre, Katherina Guldenmannllevaba una casa de huéspedes, era curandera y herborista, y más tarde fue acusada de brujería.
Kepler, nacido prematuramente a los siete meses de embarazo, erahipocondríacode naturaleza endeble y sufrió toda su vida unasaludfrágil.
A la edad de tres años, contrajoviruela, lo que, entre otras secuelas, debilitaría severamente su vista.
A pesar de su salud, fue un niño brillante al que le gustaba impresionar viajeros en la hospedería de su madre con sus fenomenales facultades matemáticas.