¿todos los materiales que ingresan al organismo son nutrientes ?

No exactamente.

También pueden entrar desechos, materiales tóxicos y bacterias "malas" que por medio de procesos químicos que realicen algunas células o enzimas pueden ser eliminados o también utilizados para ciertas ventajas.

No todas las bacterias malas, son malas.

Algunas son necesarias para eliminar ciertos componentes que el organismo produzca pero que en exceso puede dañar algún órgano de utilidad vital.

Los desechos no son tan malos porque incluso cuando nuestro organismo está realizando continuos procesos, digamos enzimáticos o celulares, siempre van a quedar desechos internos y al entrar las bacterias "malas" los van a eliminar.

Así mismo pasa con los desechos ; si entran, éstos podrían ser de utilidad para los procesos enzimáticos por ejemplo y después, lo que sobre de ese proceso, será nuevamente eliminado por esas bacterias malas que entran al organismo.

Espero que te sirva de algo.

Suerte.